В основу "ИКС-мен" легли популярные комиксы Марвел Комикс, рассказывающие о следующей ступени развития в эволюции человека, где некоторые люди, благодаря генетическим отклонениям, обладают сверхчеловеческими способностями. Те же, кто избежал генетического скачка, боятся и ненавидят этих мутантов. Последние платят той же монетой.
Профессор Ксавъе сдерживает агрессию с обеих сторон. Сам являясь мутантом, он старается научить супер-менов и обыкновенных людей жить в мире и бороться вместе против Злых мутантов, которые через насилие стремятся подчинить себе всё человечество.
Ксавъе создает суперкоманду мутантов, которой предназначено сохранять мир.