В результате тайных военных экспериментов в водах Тихого океана и на побережье появляются гигантские монстры! Невиданная катастрофа надвигается на Нью-Йорк и весь цивилизованный мир! Корабли пропадают без вести, проглоченные кальмаром-мутантом, целые кварталы уходят под Землю, подрытые огромным зубастым червем, а на острове Манхэттен хозяйничает ящер-великан Годзилла, переворачивая автобусы, сметая небоскрёбы, круша всё вокруг. совместную охоту на чудовищ ведут военные и учёные-биологи, в том числе доктор Нико Татополус и его помощники: палеонтолог Элси Чэпмен, биоинженер Мэнделл Крейвен и молодой хаккер Рэнди Эрнандес. К группе Татополуса присоединяется также шпионка французской внешней разведки – Моник Дюпре. 
С огромным трудом военным удаётся уничтожить самку Годзиллы, уже причинившей городу невосполнимый ущерб, но это только начало истории -  на глазах у изумленного и испуганного доктора Татополуса из последнего уцелевшего яйца Годзиллы вылупляется потомство!
Как и следовало ожидать, прознав про новую особь, военные начинают широкомасштабную охоту. Доктору Татополусу теперь предстоит справиться с двойной задачей: уберечь Годзиллу то преследователей, и направить её сверхъестественную силу против всевозможных монстров, расплодившихся из-за плохой экологии и радиации.